گروه پژوهشی فرآوری محصولات شیلاتی با 2 نفر عضو هیات علمی تمام وقت مشغول به خدمت می باشد. با توجه به ماهیت گروه، فعالیت های پژوهشی اعضاء این گروه با نگاه بر ارتباط با صنعت و کاربردی بودن نتایج پژوهش ها معطوف می باشد.
در این رابطه، تولید فرآورده خمیری سوسیس از گوشت کپور نقره ای (فیتوفاگ) طی چندین سال مطالعه در این گروه در مقیاس آزمایشگاهی تکمیل و هم اکنون در مقیاس تجاری با برند ماهیسا توسط صنعت تولید می شود و توانسته با اخذ مجوزهای بهداشتی زمینه اشتغال چندین نفر را فراهم نماید. تولید انواع مختلف محصولات خمیری شامل برگر و ناگت در دستور کار بوده و دانشجویان تحصیلات تکمیلی این گروه بر روی فرمولاسیون انواع محصولات خمیری به انجام پایان نامه می پردازند.
همچنین، پس از فرآوری گونه های مختلف آبزیان اعم از ماهی و میگو، ضایعات فرآوری که بطور متوسط نیمی از وزن آبزی را تشکیل می دهد، تولید می شوند. یکی دیگر از فعالیت های پژوهشی این گروه، مدیریت و ایجاد ارزش افزوده از ضایعات آبزیان با نگاه بر ضایعات صنعتی در کشور می باشد. بطور مشخص، تولید پروتئین هیدرولیز شده و پپتید ها از ضایعات میگو و قزل آلا طی چندین سال تحقیقات کاربردی تولید شده است. پروتئین هیدرولیز شده امروزه در خوراک بچه ماهیان توسط کارخانجات تولید خوراک مورد استفاده قرار می گرد. لازم به ذکر است نمونه های تولید شده پس از تغذیه در خوراک بچه ماهیان دریایی مانند صبیتی و شانک سبب افزایش وزن و رشد آنها گردید. در ادامه، راه اندازی خط تولید در مقیاس پایلوت با همکاری بخش خصوصی و نهایتا تولید صنعتی پروتئین هیدرولیز شده بعنوان اولین طرح در کشور در حال پیگیری می باشد.
در کنار فعالیت های پژوهشی اعضا هیات علمی این گروه، از سال 1393 اقدام به پذیرش دانشجو در رشته فرآوری محصولات شیلاتی در مقطع کارشناسی ارشد در پژوهشکده نموده است. لذا، آموزش و تربیت نیروی متخصص از دیگر فعالیت های گروه می باشد. تا کنون چندین طرح کاربردی و ارتباط با صنعت توسط همکاران گروه انجام شده و در کنار نگاه بر کاربردی بودن پژوهش ها، مقالات علمی متعددی نیز در مجلات معتبر علمی به چاپ رسیده است.