فعالیتهای گروه اکولوژی و مدیریت ذخایر آبزیان از سال 1383 شروع شد. از مهمترین محورهای تحقیقاتی این گروه می توان به اکولوژی سیستمهای آبی با تکیه بر رفتارها و روابط اکولوژیکی موجودات زنده، اکولوژی جمعیت و جامعه، اکولوژی تکاملی، استرس های اکولوژیکی، ارزیابی های زیست محیطی و مدیریت ذخایر و تنوع زیستی اشاره کرد. تمامی این فعالیتها با هدف توانمند سازی علمی- تخصصی گروه در جهت مواجهه با پیامد های ناشی از تغییر در زیست بومها، حفظ منابع طبیعی و مدیریت حیاط وحش انجام می پذیرد.